Um sistema para monitorar a circulação de variantes do novo coronavírus na cidade de São Paulo está sendo implementado por meio de uma parceria entre a Prefeitura a rede de laboratórios Dasa e a FAPESP.
A meta é analisar semanalmente 384 amostras de secreção nasofaríngea coletadas de moradores de todas as regiões da Capital atendidos na rede pública de saúde e que testaram positivo para a covid-19.
No IMT-USP (Instituto de Medicina Tropical da Universidade de São Paulo), o material será submetido a um teste de RT-PCR capaz de identificar a presença de cinco cepas virais: Alfa (B.1.1.7, identificada no Reino Unido), Beta (B.1.351 ou sul-africana), Delta (B.1.617, da Índia), Gama (P.1, de Manaus) e Zeta (P.2, do Rio de Janeiro). Caso o resultado seja negativo para todas, a amostra será sequenciada para que seja possível identificar a linhagem presente.
Além disso, todos os meses, 25% das amostras que passaram pelo teste de RT-PCR serão selecionadas aleatoriamente para sequenciamento completo do genoma viral. Este trabalho será feito pela equipe da Dasa.
As amostras para análise serão selecionadas de forma proporcional à população de cada região da cidade, sem viés de gravidade. As equipes da Prefeitura também fornecerão aos pesquisadores algumas informações sobre os pacientes, como sexo, idade, local de moradia, se já foi ou não imunizado, data da coleta da secreção nasofaríngea e de início dos sintomas.
O objetivo do projeto é implementar um sistema de vigilância genômica sensível (que não deixe passar despercebida nenhuma variante em circulação), representativo (capaz de mostrar a proporção das variantes de forma semelhante à distribuição real), oportuno (capaz de produzir dados a tempo de medidas de controle serem adotadas) e flexível (adaptável a todas as situações) para embasar ações de combate à doença.
